پروژه امیرفرشاد ابراهیمی دشمنان نظام در طول انقلاب اتهام‌هایی به وزارت اطلاعات وارد کردند که به ذکر برخی از آن‌ها می‌پردازیم. هفته نامه پنجره در جدیدترین شماره خود نوشت: سال‎ها از شکل‎گیری انقلاب اسلامی ایران گذشته بود و هنوز وزارت اطلاعات تأسیس نشده بود. نخست‎وزیری، سپاه پاسداران، ارتش و دادگستری از نهاد‎هایی بودند که در زمینه مسائل امنیتی فعالیت می‎کردند و هرکدام برای خود تشکیلات مجزایی داشتند. باشگاه خبرنگاران، عدم هماهنگی این نهاد‎ها، اوضاع آشفته و نابسامان امنیت کشور ناشی از خرابکاری و ترور‎‎های دشمنان و از سوی دیگر نفوذ دشمن به مراکز حساس از مسائلی بود که بیش از پیش ضرورت تأسیس یک نهاد امنیتی واحد را نشان میداد. حجت‎الاسلام ری‌شهری نیز درباره مخالفت‎ها با تشکیل وزارت اطلاعات نقل میکند که برخی نیرو‎های انقلاب که از شکنجه‎‎های ساواک در امان نمانده بودند از ترس تکرار تجربه ساواک با تأسیس یک نهاد امنیتی مخالف بودند. نتیجه این وسواس‎ها و ضرورت‎ها چیزی نبود جز تأسیس یک نهاد امنیتی در قالب وزارتخانه اطلاعات. در طول انقلاب این وزارتخانه بعضا دچار خطا‎هایی ش