مشکاتیان از سال ۱۳۵۶، همکاری با رادیو را زیر نظر هوشنگ ابتهاج آغاز کردولی پس از واقعه ۱۷شهریور ۱۳۵۷ از رادیو استعفا داد و مؤسسه چاووش را با همکاری هنرمندان گروه عارف و شیدا تشکیل داد. سپس با همکاری شهرام ناظری، تصنیف «مرا عاشق» را بر روی شعر مولانا ساخت. از سال ۱۳۵۸ تا سال ۱۳۶۷ با محمدرضا شجریان همکاری داشت که نتیجهٔ این همکاری، آثار ماندگاری چون بیداد، آستان جانان، سِرّ عشق، نوا، دستان، گنبد مینا و جان عشاق بود. وی در همهٔ این آثار، به عنوان آهنگ‌ساز و نوازندهٔ سنتور (در سِرّ عشق به عنوان نوازندهٔ سه‌تار و در جان عشاق فقط آهنگ‌ساز) همکاری داشت.
وی با افسانه شجریان دختر محمدرضا شجریان ازدواج کرد ولی در دهه ۱۳۷۰ از او جدا شد. حاصل این ازدواج، دو فرزند به نام‌های آوا (دختر) و آیین (پسر) است.

او همچنین کارهای بسیار پرباری با نوازندگانی چون حسین علیزاده (سرپرست گروه عارف و گروه شیدا) و محمدرضا لطفی (سرپرست گروه شیدا) دارد.

پس از قطع همکاری با محمدرضا شجریان، وی با خوانندگانی چون علی جهاندار، ایرج بسطامی، علیرضا افتخاری، حمیدرضا نوربخش، علی رستمیان و شهرام ناظری همکاری کرد. او همچنین در فستیوال جهانی موسیقی تحت عنوان (روح زمین) در کشور انگلستان شرکت کرد و مقام نخست را بدست آورد.
مشکاتیان از سال ۱۳۷۶ اجراهای صحنه‌ای و انتشار آلبوم را متوقف کرد وتا تابستان سال ۸۴ کنسرتی در کشور اجرا نکرد.

یکی از واپسین کارهای وی آلبوم تکنوازی تمنا بود که در سال ۱۳۸۴ نواخت و منتشر کرد. همچنین وی در روزهای ۶ تا ۹ آذر ۱۳۸۶ به عنوان سرپرست گروه عارف کنسرتی در تهران برگزار کرد که حمیدرضا نوربخش به عنوان خواننده در آن شرکت داشت.

در سال ۱۳۸۶، پس از حضور پرویز مشکاتیان در کنسرت محمدرضا شجریان، رابطهٔ این دو استاد موسیقی ایرانی که بیش از یک دهه تیره بود، مجدداً برقرار شد. همچنین، در مراسم جشن خانه موسیقی در ۲۳ مهر ۱۳۸۶، لوح تقدیر از یک عمر فعالیت هنری توسط محمدرضا شجریان به عنوان رئیس شورای عالی خانهٔ موسیقی به پرویز مشکاتیان داده شد.

از آثار مشکاتیان، کتاب‌های فراوانی منتشر شده‌است. از این کتاب‌ها می‌توان به اثرهای بیست قطعه برای سنتور، گل آئین، گل آوا، مجموعه تصانیف، بیداد، لاله بهار اشاره نمود.

پرویز مشکاتیان در تاریخ ۲۹ شهریور سال ۱۳۸۸[۶] در منزلش در تهران و در سن ۵۴ سالگی بر اثر نارسایی قلبی[۷] درگذشت. در مراسم او نماینده وزیر ارشاد نیز سخنرانی کرد که با مخالفت مخالفان روبرو شد، در طی سخنرانی وی حاضران سوت و کف می‌زدند تا مانع سخنرانی نماینده وزیر ارشاد شوند.

همچنین مراسم تشییع پیکر پرویز مشکاتیان در روز ۴ مهر در زادگاهش نیشابور، از مقابل اداره فرهنگ و ارشاد و با حضور جمعیتی نزدیک به ۱۵ هزار نفر برگزار گردید. در این مراسم که هنرمندانی همچون حسین علیزاده، محمدرضا درویشی، همایون شجریان، کیوان ساکت، حمیدرضا نوربخش، علی رستمیان، شروین مهاجر و پژمان طاهری حضور داشتند ،گروهی از دانشجویان دانشکده هنر نیشابور به نشانه عزا تعدادی از سازهای خود را کفن‌پوش کرده بودند. همچنین گروه موزیک شهر نیشابور در طول مراسم تشییع مارش عزا اجرا می‌کرد. پیکر پرویز مشکاتیان پس از مراسم تشییع و خواندن نماز در مسجد جامع نیشابور، در محوطه بیرونی باغ عطار و در جوار مقبره عطار نیشابوری به خاک سپرده شد.